Вступление.
Спустя 2, 5 года после того как забрали Саске жизнь в Конохе начала налаживаться. Песчанный Гаара стал Казакаге и немедленно заключил договор о мире со страной Огня. Цунаде продолжает восстанавливать селений после столь неудачного нападения Орочимару. Селение зарабатывает деньги на восстановлении с помощью выполнения миссий. Задействованы все шиноби, которые не обеспечивают безопасность деревни, даже некоторые особо подающие надежды Генины допущены к миссиям А-ранга. Деревня, не смотря ни на что, принимает все миссии, так как другие Деревни Ниндзя не должны знать о слабости Конохи, иначе многие захотят проглотить этот лакомый кусочек.
В своем убежище Орочимару тренирует Саске. Кабуто Якуши во всем помогает ему и является строгим (в меру, даже он уже побаивается Саске) учителем для будущего тела Орочимару. Саске продолжает упорно тренироваться, осознавая то, что в последней битве с Наруто, даже получив силу от Орочимару, он победил совершенно случайно, и успешно овладевает новыми техниками.
Узумаки Наруто вместе с одним из легендарных Саннин Джирайей возвращается в деревню, также много преуспевшим в своих навыках.
Харуно Сакура становится очень умелым ниндзя-медиком, обучившись почти всему у Пятой Хокаге Тсунаде-сама.
Многие ниндзя-Коноховцы и жители деревни готовы поклясться, что несколько раз видели «этого паренька Учиху». С их слов следует, что Саске уже несколько раз незаметно проникал в деревню, с успехом обходя всю охрану. Расследование этого дела поручается ниндзя деревни Скрытого Песка Темари, Шикамару Нару и джоунину деревни Листа «копирующему ниндзя» Хатаке Какаши. Тсунаде всерьез обеспокоена этими проникновениями и уверена, что за всем этим стоит Орочимару. Позже к расследованию присоединяются Наруто Узумаки и Харуно Сакура.
Тем временем, Гаара Песчаный в одиночку отправляется на разведку в Деревню Звука, так как согласно союзному соглашению, все, что угрожает Конохе, угрожает и Песку. Временно своим представителем в Совете и на посту оставляет своего брата Канкуро, который также управляет и подготовкой деревни к экзаменам  на Чунин. Но они пока и не подозревают о заговоре против Гаары, который назревает, участниками которого являются доверенные люди.
Могучая организация «Акатсуки» тоже не дремлет: через внедренных агентов они выяснили, что Гаара отправился к деревне звука один, и это верный для них способ захватить Джинчуурики. На это задание отправляются Дейдара и Сасори из Красных Песков. Также Лидер дает второй шанс Итачи и Кисаме захватить Узумаки Наруто.
Тем временем, к почтовому голубю Джирайи кто-то прицепляет информацию о том, что «Акатсуки» направило двух опасных ниндзя-отступников за Гаарой… Тсунаде обеспокоена, но каким именно путем пошел Гаара в Деревню Звука, неизвестно.
Итак, после двухлетнего затишья события набирают обороты…